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炎症性肠病（IBD）是一种慢性复发性疾病，许多研究证实其发病机理与肠道微生物失调有关。肠道菌群在维持肠道内环境稳定中起了极其重要的作用，临床研究表明，在溃疡性结肠炎（UC）、克罗恩病（CD）和结肠袋炎患者体内有益菌与有害菌发生失衡，因此可以考虑加入益生菌，使肠道菌群恢复平衡以达治疗目的。

然而，益生菌治疗的效果在不同的研究中并不一致，益生菌是否在IBD病程的所有阶段都有利且优于安慰剂效应仍是一个争议问题。针对这一现象，来自中国上海交通大学医学院附属仁济医院的Jun Shen博士等做了一项相关的meta分析，其结果发表于2013年3月的《炎症性肠病》杂志中，他们发现，益生菌有利于诱导和维持炎症性肠病的缓解。

研究人员搜索了Medline、Embase、Cochrane、Ovid、Biosis及Sinomed数据库中的随机对照试验研究（RCT），最终确定了23项研究，共1763名研究对象，并将这些研究按照诱导缓解和维持缓解、具体疾病及不同种类的益生菌进行亚组分析。

结果表明，益生菌在UC的诱导和维持缓解中起了一定作用，并且它在维持阶段的效果与5-氨基水杨酸（5-ASA）相当；而益生菌对CD的疗效则不显著；此外，不同成分的益生菌效果也不同：益生菌VSL#3能维持结肠袋炎患者的缓解，且其在UC诱导和维持缓解中的效果均优于其他益生菌。

该研究发现，在UC和结肠袋炎患者中加入益生菌治疗能使患者获益，该获益超过安慰剂效应，随着益生菌中所含菌种不同，效果可能有差异，因而作者倾向于在IBD治疗过程中加入益生菌，但是如何针对性地加入特定种类的益生菌、最佳剂量和给药方式以及治疗所需持续时间还待进一步试验研究确立。